Según una entrevista de Miyamoto hacha por la revista Nintendo Dream, la versión para Wii de The Legend of Zelda: Twilight Princess ha sufrido cambios en su control muy sustanciosos. El mas importante es el cambio de la espada, que pasará de accionarse con la pulsación del botón B a hacerlo a través de los movimientos en el aire del jugador con el Wiimando, al estilo de Red Steel. Las palabras de Miyamoto fueron: "después de probar este control, resultó ser más interesante".
El gancho y el arco también cambian. Antes se accionaban con la cruceta, ahora al quedar libre el botón B lo usaremos para usarlos. Estas modificaciones acentúan las diferencias entre las versiones de Wii y Gamecube , pero Miyamoto tiene claro favorito: "Mi favorita es la versión de Wii, pero ambas son divertidas".